ブックタイトル日本結晶学会誌Vol56No4

概要

日本結晶学会誌Vol56No4

脂質キュービック相法を用いた膜タンパク質の結晶化文献図10LCP法によるYidCの結晶.（Crystals of YidC.）（a）ネイティブ結晶.（b）メチル塩化水銀との共結晶.の重原子化合物を用いてのソーキングやセレノメチオニン置換体の調製・結晶化などのさまざまな手法を試みた.今回のケースでは,それらのうち,システイン残基を導入したYidC変異体とメチル塩化水銀との共結晶化により得られた結晶（図10b）を用いた多波長異常分散法によって位相決定できた.得られた結晶は一辺20μmほどであったが, SPring-8 BL32XUにおいて縦10μm,横1μmのマイクロビームを用いて,結晶の右端から左端にかけてビーム照射位置をずらしながら回折データを収集することで, 12) X線照射による結晶へのダメージを最小限に抑えながら, 2つの波長（Hgピーク波長とHgエッジ波長）のデータセットを1つの結晶から収集することができた.その際,ソフトウェアKUMA 12)によって結晶へのX線ダメージを見積もり,測定条件を決定した.得られた3.0 A分解能のデータセットから, SHELXD 13)により1つのHg原子位置が見つかった.初期位相はSHARP 14)で計算し,続けてSOLOMON 15)により溶媒平滑化を行ったところ,解釈可能な電子密度が得られた.6．おわりに本稿では, LCP法による結晶化の原理や方法,構造解析の実例について紹介した. LCP法は比較的新しい技術であるが,近年LCP法によって結晶構造解析が達成された例が次々と報告されており,膜タンパク質の結晶構造解析を行う上で有力な選択肢の1つとなっていることは間違いない.一方で，技術開発を行っている海外と比べ,日本国内ではLCP法での結晶化技術は一歩遅れているのが現状である.本稿を通じて,より多くの研究者がLCP法に興味をもち,積極的に情報交換を行うなどして,研究が進展することを期待している.謝辞本稿を記すにあたって西澤知宏特任助教に多く助力いただいた.またX線回折実験において助力いただいたSPring-8ビームラインスタッフの皆様に御礼申し上げる.またX線回折実験は, SPring-8 BL32XU（課題番号2012A1093, 2012A1201, 2012B1146, 2012B1162, 2013A1128）で実施した.1）http://blanco.biomol.uci.edu/mpstruc/2）M. Caffrey: Annu. Rev. Biophys. 38, 29 (2009).3）P. Gourdon et al.: Cryst. Growth Des. 11, 2098 (2011).4）R. Ujwal and J. U. Bowie: Methods 55, 337 (2011).5）E. M. Landau and J. P. Rosenbusch: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.93, 14532 (1996).6）S. G. F. Rasmussen et al.: Nature 477, 549 (2011).7）M. Caffrey: Cryst. Growth Des. 8, 4244 (2008).8）L. V Misquitta et al.: Structure 12, 2113 (2004).9）D. Li, C. Boland, D. Aragao, K. Walsh and M. Caffrey: J. Vis.Exp. e4001 (2012).10）K. Kumazaki et al.: Nature 509, 516 (2014).11）K. Kumazaki et al.: Acta Crystallogr. Sect. F. Struct. Biol. Cryst.Commun. 70, 1056 (2014).12）K. Hirata et al.: J. Phys. Conf. Ser. 425, 012002 (2013).13）T. R. Schneider and G. M. Sheldrick: Acta Crystallogr. D. Biol.Crystallogr. 58, 1772 (2002).14）E. de La Fortelle and J. Irwin: Methods Enzym. 276, 472 (1997).15）J. P. Abrahams and A. G. Leslie: Acta Crystallogr. D. Biol.Crystallogr. 52, 30 (1996).プロフィール熊崎薫Kaoru KUMAZAKI東京大学理学系研究科生物科学専攻Department of Biological Sciences, Graduate Schoolof Science, The University of Tokyo〒113-8654東京都文京区本郷7-3-17-3-1 Hongo, Bunkyo-ku, 113-0033 Tokyo, Japane-mail: kkumazaki@bs.s.u-tokyo.ac.jp専門分野：構造生物学現在の研究テーマ：タンパク質膜組み込みの構造基盤の解明濡木理Osamu NUREKI東京大学理学系研究科生物科学専攻Department of Biological Sciences, Graduate Schoolof Science, The University of Tokyo〒113-8654東京都文京区本郷7-3-17-3-1 Hongo, Bunkyo-ku, 113-0033 Tokyo, Japane-mail: nureki@bs.s.u-tokyo.ac.jp専門分野：構造生物学現在の研究テーマ：膜タンパク質,病因関連タンパク質, RNA結合タンパク質の構造機能解析石谷隆一郎Ryuichiro ISHITANI東京大学理学系研究科生物科学専攻Department of Biological Sciences, Graduate Schoolof Science, The University of Tokyo〒113-8654東京都文京区本郷7-3-17-3-1 Hongo, Bunkyo-ku, 113-0033 Tokyo, Japane-mail: ishitani@bs.s.u-tokyo.ac.jp専門分野：構造生物学現在の研究テーマ：膜輸送体による物質輸送の構造基盤の解明日本結晶学会誌第56巻第4号（2014）235