ブックタイトル日本結晶学会誌Vol55No5

概要

日本結晶学会誌Vol55No5

木原裕,新庄正路,松村義隆った.というのは,βラクトグロブリンは,通常の二次構造予測のプログラムを用いて計算すると,結晶解析で求めた立体構造と異なり,αヘリックスが多く予測される.したがって,フォールディングの初期段階で,そのような傾向が現れるのもやむを得ないと.また,ユビキチンにはαヘリックスが含まれているので,フォールディングの初期過図4Src SH3ドメインタンパク質の立体構造（PDB code：1 srl）.（Structure of Src SH3 domain protein（PDBcode：1 srl）.）黄色；βシート構造,赤色；3 10ヘリックス部分を表す.編集部注：カラーの図はオンライン版を参照下さい.程に少々αヘリックスができすぎることもあるかもしれないと.われわれもそういう期待をこめて,次のフォールディング実験の対象として,最もαヘリックスなどできそうにないSH3ドメインタンパク質を選んだ.3.2 Src SH3ドメインタンパク質二次構造としてβ構造しか含まないSrc SH3ドメインタンパク質（図4参照）は,実際通常の二次構造予測プログラムを用いて計算してもαヘリックスができそうになかった. 5)しかし結果はまったく予想を覆すものであった.図5aにpH3, 4℃で測定した紫外円偏光二色性の結果を示した. Src SH3ドメインタンパク質のフォールディングは,ユビキチンの場合（図3b）より,はるかに多くのαヘリックスを初期中間体中に含んでいることがわかったのである.このときできる初期中間体のαヘリックス含量は～25％で,実験条件（温度,添加不凍液＝エチレングリコールの量）によらず一定で,初期中間体の構造がこのような条件によらないロバスト（注1）なものであることがわかった.図5bはX線溶液散乱データから求めた慣性半径の時間経過を示す.初期中間体の慣性半径は変性状態のものよりずっと小さく, nativeな状態のそれよりやや大きかった.この中間体の散乱曲線のKratkyプロットをとると, 100 msですでにピークを示すプロフィールとな図5pH3, 4℃でのSrc SH3ドメインタンパク質のフォールディング.（Folding of Src SH3 domain protein monitored bycircular dichroism and cryo-Xray solution scattering at pH3 and 4℃.）（a）紫外円偏光二色性の時間経過（circulardichroism）,測定波長：222 nm.（b）蛍光強度の時間経過（fluorescence）,励起光295 nm,測定光340 nmより長い光を集めている.（c）X線溶液散乱から求めた慣性半径（Rg）の時間経過（radius of gyration from X-ray scattering）,■は静的測定から求めたinitialとfinalの値.（d）X線溶液散乱データのKratkyプロット（Kratky plots from X-rayscattering data）. 100 ms（中間体に相当）と5 s（finalに相当）.274日本結晶学会誌第55巻第5号（2013）